Inför säsongen 1995/96 anlitade Bayern München Otto Rehhagel som ny tränare. Han hade firat stora framgångar med Werder Bremen under fjorton år med bland annat två ligatitlar. I Bayern skulle han dock få det tuffare då han hamnade i konflikt med klubbens stjärnor. Det gick så långt att Rehhagel fick sparken i slutet av april 1996. Franz Beckenbauer ledde därefter laget under återstoden av säsongen. Under sommaren 1995 hade man förstärkt laget med den store anfallsstjärnan Jürgen Klinsmann från Tottenham Hotspur. Man värvade även Thomas Strunz från VfB Stuttgart, schweiziske mittfältaren Ciriaco Sforza från Kaiserslautern, österrikiske mittfältaren/anfallaren Andreas Herzog från Werder Bremen samt reservmålvakten Michael Probst från SV Lohhof.
Bayern München inledde ligaspelet 1995/96 med sju raka segrar och nitton gjorda mål. Bland annat besegrade man Karlsruhe med 6–2 i andra omgången. Efter två förluster slog man St. Pauli (1–0) och sedan Stuttgart med 5–3 i ytterligare en åttamålsmatch. Bayern noterade därefter sin största förlust för säsongen när Eintracht Frankfurt vann med 4–1. Två oavgjorda och tre segrar följde innan man förlorade ytterligare två matcher, mot Hamburg (1–2) och Karlsruhe i ännu en 1–4-förlust. I nästa omgång tog man dock revansch när man besegrade Uerdingen med 6–1 – lagets största seger för säsongen. Det blev sedan seger med 4–2 i derbyt mot 1860 München.
Efter förlust med 1–3 mot Freiburg vann laget tre raka matcher, men sedan kom man in i en formsvacka. På de nio sista matcherna blev det fyra förluster, tre oavgjorda och bara två segrar. Bayern München fick därmed nöja sig med andra plats i Bundesliga 1995/96, sex poäng bakom mästarna Borussia Dortmund.
Seger i UEFA-cupen
I tyska cupen slog Bayern ut Stuttgarter Kickers med 1–0, men i andra omgången föll man med 3–1 mot Fortuna Düsseldorf. Desto bättre gick det i UEFA-cupen. Under hösten slog Bayern ut Lokomotiv Moskva (förlust 0–1 hemma, men seger med 5–0 borta), Raith Rovers (seger med 2–0 borta och 2–1 hemma) och Benfica (seger med 4–1 hemma och 3–1 borta).
Turneringen fortsatte med kvartsfinaler i mars 1996 där man mötte Nottingham Forest. Bayern tog sig till semifinal efter seger med 2–1 hemma och 5–1 borta. Första semifinalen mot Barcelona slutade 2–2 på Olympiastadion i München och i returen på Camp Nou vann tyskarna med 2–1. I finalen mötte man franska Bordeaux. Det blev dubbelseger för Bayern, 2–0 hemma och 3–1 borta, som vann UEFA-cupen för första gången. Klubben blev därmed den tredje att ha vunnit samtliga tre stora europeiska cuper (Europacupen, Cupvinnarcupen och UEFA-cupen). Jürgen Klinsmann blev dessutom turneringens skyttekung med femton mål.
Spelarna i Bayern München 1995/96
Ordinarie laguppställning (3–5–2 med libero): 1 Oliver Kahn – 8 Thomas Strunz/10 Lothar Matthäus – 2 Markus Babbel/4 Oliver Kreuzer, 5 Thomas Helmer – 21 Alexander Zickler/16 Dietmar Hamann/8 Thomas Strunz, 7 Mehmet Scholl, 14 Ciriaco Sforza, 6 Christian Nerlinger/20 Andreas Herzog, 17 Christian Ziege – 9 Jean-Pierre Papin/21 Alexander Zickler, 18 Jürgen Klinsmann.
Thomas Strunz spelade libero fram till mitten av november när Lothar Matthäus kom tillbaka från sin skada. Målvakten Oliver Kahn och mittbacken Thomas Helmer deltog i flest matcher under säsongen, totalt 46 stycken (av 48) varav 32 i ligan. Vänsterspringaren Christian Ziege spelade 33 ligamatcher, men missade tre cupmatcher. Jürgen Klinsmann blev lagets bäste målskytt med totalt 31 mål varav sexton i ligan.
Tröjorna
Inför 1995/96 tog Adidas fram en helt ny hemmatröja till Bayern München. Denna modell hade blå och röda ränder samt vit krage och tre vita ränder längs ärmarna. På ryggen återfanns klubbnamnet ovanför tröjnumret. För första gången hade man även spelarnas namn på ryggen. Detta placerade man nedanför tröjnumret. Denna säsong frångick Bundesliga principen att startelvan skulle vara numrerad 1–11. Istället hade varje spelare sitt eget unika nummer, men i UEFA-cupen höll man kvar vid det gamla systemet. i de europeiska cupmatcherna hade man inte heller klubbnamnet eller spelarnamnen på ryggen.
Bayern fick även en ny bortatröja denna säsong. Den var vit med vit krage samt tre röda ränder på ärmarna. Tillhörande byxor och strumpor var även de vita. I en del bortamatcher använde man det gamla gulgröna matchstället. Det skiljde sig dock från förra säsongens bortaställ på ett par punkter. Förutom att man nu hade spelarnas namn på ryggen hade man ändrat på Adidas-logotypen. Adidas Equipment-loggan var ersatt av enbart texten ”adidas” nedanför halsen och på byxorna. I bortamatchen mot Bordeaux i UEFA-cupfinalen introducerade Adidas ett nytt bortaställ som kom att användas även i ligan under 1996/97. Tröjan var vit med en blå och en röd bred rand längs höger sida. Krage och muddar var svarta med blåröda ränder och längs ärmarna löpte de typiska tre Adidas-ränderna. Byxorna var i samma stil med en blåröd rand samt tre smalare ränder längs sidorna.