1989/90 gjorde Millwall sin andra säsong i högsta divisionen. I debutsäsongen 1988/89 hade man kommit på tionde plats och det började bra även nu. Laget vann tre matcher och spelade oavgjort två gånger på de fem första matcherna. Millwall toppade tillfälligt tabellen, men den sextonde september åkte man på en storförlust med 5–1 borta mot Manchester United. En vecka senare besegrade man Sheffield Wednesday med 2–0 hemma på The Den, men därefter tappade man formen helt. På de tio följande matcherna blev det sex förluster och fyra oavgjorda. Segern med 2–0 mot Aston Villa den sextonde december skulle visa sig vara en tillfällighet. Det var nämligen Millwalls sista ligaseger på hela säsongen.
Laget förlorade femton av de tjugo sista ligamatcherna och fick oavgjort fem gånger. Den trettonde februari fick därför managern John Docherty sparken. Bob Pearson ledde laget fram till början av april innan Bruce Rioch tog över. Rioch hade nyligen fått sparken från Middlesbrough, men han kunde inte stoppa Millwalls ras. Millwall slutade sist i tabellen 1989/90 och åkte ner i division två.
Cupspel
Millwall inledde cupspelet 1989/90 med dubbelmötet mot Stoke City i Ligacupens andra omgång i september. Efter att ha förlorat med 1–0 borta vände Millwall till seger med 2–0 hemma, men i nästa omgång blev det förlust med 3–2 mot division tre-laget Tranmere Rovers. Nästa cupmatch spelade man på Luciadagen. Då mötte Millwall Swindon Town i Full Members’ Cup, en match som man förlorade med 2–1.
Millwall mötte sedan Manchester City i FA-cupens tredje omgång i januari 1990. En mållös match innebar omspel tre dagar senare, men även nu blev det oavgjort, 1–1. I den andra omspelsmatchen kunde dock Millwall vinna med 3–1. Även i fjärde omgången blev det oavgjort, nu 1–1 mot division fyra-laget Cambridge United. Cambridge vann sedan omspelet med 1–0 och Millwall var därmed utslaget ur alla cuper.
Spelarna i Millwall 1989/90
Ordinarie laguppställning: 1 Brian Horne – 2 Keith Stevens, 5 David Thompson, 6 Alan McLeary, 3 Ian Dawes – 7 Jimmy Carter, 4 Keith Hurlock, 8 Les Briley, 11 Paul Stephenson – 9 Teddy Sheringham, 10 Tony Cascarino.
Keith Branagan vaktade målet i sexton ligamatcher från och med den trettonde januari, men i sista matchen mot Chelsea var Brian Horne tillbaka mellan stolparna. Under samma period var även högerbacken Keith Stevens borta och missade tio ligamatcher. Då spelade Danis Salman och Kenny Cunningham fyra–fem matcher var i tröja nummer två. På andra kanten spelade vänsterbacken Ian Dawes från start i alla matcher utom en – i ZDS-cupmatchen mot Swindon kom han in som avbytare. I mittförsvaret kan man även räkna Steve Wood som mer eller mindre ordinarie. Han spelade 21 ligamatcher, antingen i tröja nummer fem eller sex, samt alla fem FA-cupmatcher i tröja nummer fem.
På mittfältet spelade Keith Hurlock de fjorton första ligamatcherna i tröja nummer fyra, men missade sedan tre matcher. Därefter spelade han oftast i nummer åtta medan Les Briley bytte till fyra. Även Briley missade en del matcher under hösten och då tog Garry Waddock över nummer åtta. På vänster mittfält spelade Steve Anthrobus i tröja nummer elva i de elva första ligamatcherna. Sean Sparham spelade därefter några matcher innan Paul Stephenson tog över nummer elva. Anthrobus såldes sedan till Wimbledon i februari 1990. Teddy Sheringham och Tony Cascarino blev bästa målskyttar med totalt tolv respektive elva mål. Båda stod för nio fullträffar i ligan. Cascarino såldes dock till Aston Villa i mars 1990.
Matchställen
Spall levererade nya matchställ till Millwall 1989/90. Hemmatröjan hade smala ränder i två olika nyanser av blått på diagonalen samt vit krage med en blå rand. Klubben saknade sponsor denna säsong, men från och med matchen mot Liverpool den 19:e november satte man klubbnamnet ”Millwall” i vita versaler på tröjans framsida. Shortsen var vita med två blå fält på sidorna och strumporna var blå med två vita ränder upptill. Man hade även blå shorts och vita strumpor till hands. Borta mot Charlton ställde Millwall upp i helblått och borta mot Derby County samt hemma mot Everton använde man vita strumpor och shorts tillsammans med den blå tröjan.
Millwall hade även två reservställ i samma stil som hemmastället. Det ena bestod av gula tröjor och strumpor samt svarta byxor. Precis som på hemmatröjan lade man i slutet av hösten till texten ”Millwall” på framsidan, fast med svarta bokstäver. Det andra reservstället bestod av röda tröjor med vit krage samt röda byxor och strumpor. Det första tillfälle som detta röda matchställ användes var borta mot Wimbledon den 29:e augusti. Då använde man byxorna från förra säsongen med en vit triangel på vänster ben. Nästa gång, borta mot Everton den 14:e oktober, hade man fått de nya shortsen med två vita fält på sidorna.















