Bolton Wanderers tog hem seriesegern i division två 1978 och var därmed tillbaka i högsta serien för första gången sedan 1963/64. Laget slutade på sjuttonde plats 1978/79 och klarade sig kvar. I FA-cupen åkte man ut mot Bristol City i tredje omgången och i Ligacupen slog man Chelsea i andra omgången men förlorade sedan mot Exeter City.
1979/80 gick det inte lika bra. Bolton vann bara en av de 24 första ligamatcherna innan tränaren Ian Greaves fick sparken i januari 1980. Stan Anderson tog över men kunde inte förhindra att laget slutade sist i tabellen och åkte ner i division två igen. I FA-cupen slog Bolton ut Sunderland och Halifax Town innan man åkte ut mot Arsenal efter omspel i femte omgången och i Ligacupen blev det förlust direkt i andra omgången mot Southend United.
Laget 1978/79: 1 Jim McDonagh – 2 Peter Nicholson, 5 Paul Jones, 6 Mike Walsh, 3 Tony Dunne – 7 Willie Morgan, 4 Roy Greaves, 11 Neil McNab/Brian Smith – 8 Neil Whatmore, 9 Alan Gowling, 10 Frank Worthington. Neil McNab värvades från Tottenham i november 1978 och i slutet av säsongen gick Tony Dunne över till NASL-laget Detroit Express. McDonagh, Walsh och Worthington spelade samtliga 42 ligamatcher och Worthington blev även ligans skyttekung med 24 mål.
Bland nyförvärven sommaren 1979 fanns högerbacken Dave Clement (Queens Park Rangers) och mittfältaren Len Cantello (West Bromwich Albion). I november såldes Frank Worthington till Birmingham City och i februari 1980 såldes Neil McNab till Brighton & Hove Albion. Jim McDonagh och Mike Walsh spelade återigen samtliga 42 ligamatcher och Neil Whatmore blev bäste målskytt med sexton ligamål.
Hemmatröjan var vit med vit krage och marinblå Umbro-markering längs ärmarna. Byxorna var marinblå och strumporna vita. Bortastället bestod av röda tröjor, vita byxor och röda strumpor.