Padova kunde inte upprepa bedriften från 1994/95 att hålla sig kvar i Serie A. Laget slutade sist i tabellen och släppte in mest mål i serien, 79 stycken. Speciellt under våren åkte man på några storförluster: 0–5 mot Juventus, 4–6 mot Fiorentina och 2–8 mot Inter. Amerikanen Alexi Lalas och veteranen Giuseppe Galderisi lämnade laget under säsongen för spel i den nystartade nordamerikanska proffsligan Major League Soccer. Nya spelare i laget var Stefano Pioli (försvarare, Fiorentina), Stefano Fiore (mittfältare, Parma), Antonio Sconziano (försvarare, Acireale), Nicola Amoruso (anfallare, Fidelis Andria) och Silvio Vittorio Giampietro (försvarare, Fidelis Andria). Under säsongen anslöt även holländske yttern Leonard van Utrecht från Cambuur och försvararen Stefano Nava från Milan. Amoruso blev bäste målskytt med 14 mål och kom på delad åttonde plats i skytteligan medan anfallskollegan Goran Vlaović gjorde 13 mål.

Tröjorna tillverkades denna säsong av Diadora och på bortatröjan utgjorde klubbmärket en stor del av designen.