Atalanta deltog i UEFA-cupen 1989/90 men åkte ut mot Spartak Moskva redan i första omgången. I ligan gick det däremot bättre med en sjundeplats i tabellen som återigen kvalificerade laget för UEFA-cupen. Bland de nya i laget fanns försvararen Roberto Bordin (Cesena), mittfältaren Mario Bortolazzi (Verona) och argentinske anfallaren Claudio Caniggia (Verona). Målvakten Fabrizio Ferron spelade samtliga 34 ligamatcher och bästa målskyttar blev Armando Madonna och Caniggia med åtta ligamål var.
Tröjorna tillverkades av Ennerre och sponsor var Tamoil. Hemmastället bestod av blåsvartrandiga tröjor med svart krage, svarta byxor och svarta strumpor med blå överdel. Reservtröjan var vit med blå och svarta fält inspirerade av västtyska landslagets tröja och användes tillsammans med svarta byxor och vita strumpor.