Efter att ha slagit ut Sparta Prag i kvalet ställdes IFK Göteborg mot Manchester United, Barcelona och Galatasaray i Champions Leagues gruppspel. Förlust med 4–2 borta mot Manchester United i första matchen följdes av seger hemma mot Barcelona efter att IFK Göteborg vänt 0–1 till 2–1 under sista kvarten. Målen gjordes av Magnus Erlingmark och Jesper Blomqvist. Därefter såg Erlingmark med sina båda mål till att det blev två 1–0-segrar över Galatasaray. Avancemanget till kvartsfinalen säkrades tack vare en 3–1-seger över Manchester United på Ullevi. Blomqvist gav Blåvitt en tidig ledning, men Mark Hughes kvitterade i andra halvlek. Erlingmark gjorde dock 2–1 precis efter kvitteringen, och strax därefter satte Pontus Kåmark 3–1 på straff. I sista gruppspelsmatchen, mot Barcelona på Camp Nou, tog hemmalaget ledningen med knappt tio minuter kvar, men precis som på Ullevi gjorde IFK Göteborg mål i 90:e minuten, denna gång genom Stefan Rehn. I kvartsfinalen mötte IFK Göteborg Bayern München. Första mötet slutade mållöst och i returen på Ullevi gjorde tyskarna två mål i andra halvlek, men Blåvitt gjorde återigen ett par sena mål och lyckades kvittera till 2–2. Målskyttar var Mats Lilienberg och Mikael Martinsson. Bayern gick dock till semifinal tack vare fler gjorda mål på bortaplan.
IFK Göteborg spelade i blåvitrandiga tröjor i samtliga matcher. I de första matcherna satt Asics-loggan och klubbmärket på varsin vit rand, men i sista gruppspelsmatchen mot Barcelona och i kvartsfinalen mot Bayern München hade loggorna flyttats in ett steg närmare mitten. Skillnader mot tröjan som användes i Allsvenskan var att ICA-loggan var betydligt mindre och att man hade Champions League-loggan på ena ärmen. Byxorna hade bara en smal rand på sidorna och hade dessutom spelarens nummer på ena benet. I hemmamatchen mot Barcelona spelade IFK Göteborg i vita byxor och strumpor. På de vita byxorna var numren i ett annat typsnitt än på de blå.