Bologna inledde säsongen 1999/2000 med Sergio Buso som tillförordnad tränare (han hade tidigare varit assisterande tränare och juniorlagstränare i Bologna) tills Francesco Guidolin tog över permanent i slutet av oktober. Från Inter värvades tre spelare: före detta landslagsmålvakten Gianluca Pagliuca, brasilianske mittfältaren Zé Elias samt anfallaren Nicola Ventola som kom på lån. Ny i laget var också försvararen Giulio Falcone från Fiorentina. I november återvände Kennet Andersson till klubben efter en kort tid i Lazio och i januari kom vänsterbacken Max Tonetto på lån från Milan. Bologna tappade ytterligare ett par placeringar jämfört med förra säsongen och slutade på elfte plats. Giuseppe Signori blev lagets bäste målskytt med 15 mål medan Klas Ingesson var den ende i laget som deltog i samtliga 34 ligamatcher. I UEFA-cupen slog Bologna ut ryska Zenit Sankt Petersburg och belgiska Anderlecht, men åkte sedan ut i sextondelsfinalen mot turkiska Galatasaray.
Hemmatröjan var av samma modell som tidigare, men för att fira klubbens 90-årsjubileum återfanns texten ”Bologna FC 1909–1999” under klubbmärket. Bortatröjan var vit med en röd och en blå diagonal medan det gula tredjestället var av samma modell som tidigare.
