Lecce gjorde ett nytt försök att etablera sig i Serie A 1988/89 och denna gång gick det bättre än senast (1985/86). Laget slutade på nionde plats, bara tre poäng efter Roma och Fiorentina som gjorde upp om den sista UEFA-cupplatsen. Målvakten Giuliano Terraneo spelade samtliga 34 ligamatcher och argentinaren Pedro Pablo Pasculli blev bäste målskytt med sju ligamål. Bland de nya i laget fanns mittbacken Ubaldo Righetti från Udinese och ungerske anfallaren István Vincze. Tränare var Carlo Mazzone som på 90-talet kom att träna bland annat Roma och Cagliari.
Tröjorna tillverkades av Adidas och sponsor var Ponti. Hemmatröjan var likadan som tidigare fast med den nya sponsorns logga och användes tillsammans med röda byxor och gula strumpor. En alternativ gul tröja användes i två hemmamatcher (mot Napoli och Ascoli) och sex bortamatcher. Bortamatchen mot Inter var den enda i ligan där Lecce spelade i sitt vita reservställ.
