Lazio inledde säsongen med att besegra Juventus med 2–1 i italienska supercupen efter att portugisiska nyförvärvet från Porto, högeryttern Sérgio Conceição, gjort segermålet i fjärde tilläggsminuten av andra halvlek. Laget ledde länge serien och från den elfte till den 27:e omgången spelade man 17 raka matcher utan förlust, men i slutet av säsongen kunde Milan passera Lazio i tabellen och ta hem ligatiteln. Lazio fick därmed nöja sig med andra plats. Som regerande italienska cupmästare deltog Lazio i den sista upplagan av Cupvinnarcupen innan turneringen lades ner. Man tog sig till final genom att besegra schweiziska Lausanne-Sport, serbiska Partizan Belgrad, grekiska Panionios och ryska Lokomotiv Moskva. I finalen mötte man Mallorca och Christian Vieri gav Lazio en tidig ledning som dock kvitterades några minuter senare, men knappt tio minuter från slutet gjorde Pavel Nedvěd målet som gav Lazio deras första och enda seger i turneringens historia.
Christian Vieri hade värvats från Atlético Madrid och gjorde tolv mål på 22 ligamatcher under sin enda säsong i Lazio (han såldes till Inter efter säsongen), men lagets bäste målskytt var ett annat nyförvärv, chilenaren Marcelo Salas från River Plate som gjorde 15 mål. Även Roberto Mancini kom upp i tvåsiffrigt med sina tio ligamål. Andra nyförvärv var mittbackarna Siniša Mihajlović (Sampdoria) och Fernando Couto (Barcelona) samt mittfältarna Dejan Stanković (Röda Stjärnan) och Iván de la Peña (Barcelona). I januari värvade man även högeryttern Attilio Lombardo från Crystal Palace.
Från och med säsongen 1998/99 tillverkades Lazios tröjor av Puma. Den ljusblå hemmatröjan kompletterades av en svart och en gul reservtröja. I Cupvinnarcupen spelade Lazio i gula tröjor med svarta ränder. Dessa tröjor hade Del Monte som sponsor istället för Cirio.
