Inter inledde 90-talet med att Giovanni Trapattoni gjorde sin sista säsong som tränare för klubben. Laget kom trea i ligan och tog sin första UEFA-cuptitel efter finalseger över Roma. I laget fanns de tre tyska världsmästarna Andreas Brehme, Lothar Matthäus och Jürgen Klinsmann samt flera italienska landslagsspelare såsom målvakten Walter Zenga och lagkaptenen Giuseppe Bergomi. Därefter pendlade Inter mellan toppen och mitten av tabellen i flera år. Som bäst slutade man på andra plats 1992/93 och 1997/98 och som sämst slutade Inter på trettonde plats 1993/94 då man bara var en poäng från nedflyttning. Samma säsong tog dock Inter sin andra UEFA-cuptitel efter att ha besegrat Casino Salzburg i finalen. Stor profil i laget var holländska nyförvärvet Dennis Bergkamp som blev turneringens skyttekung. 1997 nådde Inter sin tredje UEFA-cupfinal, denna gång med argentinaren Javier Zanetti, fransmannen Youri Djorkaeff och engelsmannen Paul Ince som några av lagets profiler. Den här gången blev det dock förlust mot Schalke 04 efter straffsparksläggning. Inför påföljande säsong värvades brasilianaren Ronaldo från Barcelona i en affär som gjorde honom till världens dyraste spelare. Samma år blev han även utsedd till världens bästa spelare av både FIFA och France Football. Med Ronaldo i laget vann Inter UEFA-cupen för tredje gången efter seger över Lazio i ännu en helitaliensk final. 1998 värvade Inter en pånyttfödd Roberto Baggio från Bologna och året efter slog man återigen transferrekordet när man värvade Christian Vieri från Lazio. Skador på Ronaldo och Vieri bidrog till att Inter inte hade möjlighet att utmana om ligatiteln i slutet av 90-talet.
Här är Inters hemmatröjor på 90-talet. Klicka på bilden för att se den i större format.
Och här är Inters bortatröjor på 90-talet:
Inters tabellrader på 90-talet. Klicka på en säsong för att komma till respektive inlägg. Kolumnerna står för Säsong, Ligaplacering, Spelade matcher, Vinster, Oavgjorda, Förluster, Gjorda mål, Insläppta mål, Poäng. Från och med 1994/95 ger seger tre poäng.
| Säsong | Plac | Sp | V | O | F | GM | IM | P |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1990/91 | 3 | 34 | 18 | 10 | 6 | 56 | 31 | 46 |
| 1991/92 | 8 | 34 | 10 | 17 | 7 | 28 | 28 | 37 |
| 1992/93 | 2 | 34 | 17 | 12 | 5 | 59 | 36 | 46 |
| 1993/94 | 13 | 34 | 11 | 9 | 14 | 46 | 45 | 31 |
| 1994/95 | 6 | 34 | 14 | 10 | 10 | 39 | 34 | 52 |
| 1995/96 | 7 | 34 | 15 | 9 | 10 | 51 | 30 | 54 |
| 1996/97 | 3 | 34 | 15 | 14 | 5 | 51 | 35 | 59 |
| 1997/98 | 2 | 34 | 21 | 6 | 7 | 62 | 27 | 69 |
| 1998/99 | 8 | 34 | 13 | 7 | 14 | 59 | 54 | 46 |
| 1999/00 | 4 | 34 | 17 | 7 | 10 | 58 | 36 | 58 |